La riserva è ricca di grotte, alcune delle quali hanno restituito preziosissimi reperti archeologici e paleontologici: Grotta della Regina, Grotta dei Caprari, Grotta Perciata, Grotta dell'Olio e alcune fessure, come la Grotta dei Malpasso e il Pozzetto di PizzoSella, interessanti dal punto di vista speleologico.